המרכז מחולק לארבעה מערכים:
• תרומות איברים מתורמים נפטרים
• רישום חולים והקצאת איברים
• השתלות מתורמים חיים
• הדרכה והסברה
מערך תרומות איברים מתורמים נפטרים
תהליך התרומה בבית החולים
המערך פועל באמצעות אחיות מתאמות השתלות ורופאים נאמני השתלות במרכזים הרפואיים ובבתי החולים.
מתאמת השתלות בבית החולים:
בכל מוסד נמצאת אחות מתאמת השתלה מטעם המרכז הפועלת מול התורמים ומול הצוות הרפואי. היא מאתרת את התורמים הפוטנציאליים, מבצעת את הפנייה למשפחה, ומלווה אותה באופן צמוד לאורך כל תהליך קבלת ההחלטה.
במקביל אחראית המתאמת על הדרכת הצוותים הרפואיים בנושא איתור וטיפול בתורמי איברים, וקיום הפרוטוקולים הרפואיים הנדרשים להליך התרומה ולהנצלת האיבר. בתפקידן זה המתאמות הן עובדות המרכז הלאומי להשתלות, כפופות למרכז מקצועית ומקבלות ממנו את מלוא ההכשרה והתמיכה הנדרשים לתפקידן.
רופא נאמן השתלות בבית החולים: הרופא נאמן ההשתלות בבית החולים מרכז את הטיפול הרפואי לשימור איברים ואת קידום נושא תרומת איברים בבית החולים.
למתאמות ולנאמנים אין כל קשר לממתינים להשתלה. תהליך התרומה הנו נפרד לחלוטין מקבלת החלטות על ההשתלה.
ליווי ותמיכה במשפחות התורמים
המערך אחראי על ליווי ותמיכה במשפחות התורמים: מתאמות ההשתלה ביחד עם צוות המרכז הלאומי להשתלות עוסקים בפעילויות כגון: העברת מידע אודות ניתוחי ההשתלה, מפגשי תמיכה, הנצחה, אירועי הוקרה בבית נשיא המדינה ואירועים חברתיים שונים לאורך השנה.
מערך רישום חולים והקצאת איברים
המערך מנהל את רישום המועמדים להשתלה ואת רשימת הממתינים.
כל מועמד להשתלה בארץ נרשם במרכז הלאומי להשתלות. המועמד יכול לבחור את בית החולים בו תתבצע ההשתלה, וצוות יחידת ההשתלות בבית החולים הנבחר יבצע את רישום החולה במרכז הלאומי להשתלות.
את רשימת הממתינים מנהל המערך באופן ממוחשב.
המיקום ברשימה נקבע על סמך קריטריונים אשר גובשו על ידי ועדת ההיגוי של המרכז והם כוללים את גיל החולה, דחיפות רפואית, התאמת רקמות בין התורם לחולה, זמן המתנה להשתלה וקריטריונים רפואיים נוספים. המיקום ברשימה משתנה באופן ממוחשב כל העת בהתאם לשינויים בנתונים, לדוגמה: החמרה במצבו הרפואי של הממתין, גריעה או תוספת של ממתינים וכו'.
מערך להשתלות מתורמים חיים
כל השתלה מתורם חי (כליה, אונת כבד או אונת ריאה) מתבצעת רק לאחר קבלת אישור המרכז הלאומי.
המערך מרכז את הפעילות הקשורה באישור תרומות מתורמים חיים, מרכז את ישיבות ועדת הערכה מרכזית, על פי חוק השתלת איברים התשס"ח-2008, ומפתח תוכניות להשתלה מתורמים חיים. ועדת ההערכה מיועדת לבדיקה האם המניע לתרומה הנו אלטרואיסטי - דהיינו, התורם מוכן לתרום איבר מגופו בעודו בחיים לאדם שאינו קרוב משפחתו מדרגה ראשונה מתוך רצון חופשי ללא הבטחה או ציפייה לקבל תגמול עבור התרומה, כמו כן מנהל המערך את הטיפול בפיצוי תורמים חיים. הרחבה הן על ועדת הערכה והן על פיצוי תורמים חיים.
מערך הדרכה והסברה
המערך עוסק בהדרכה ובהסברה להעלאת המודעות לתרומות איברים: פעילות לציבור הרחב, בקרב מגוון המגזרים והקהלים, כולל קמפיינים תקשורתיים לעידוד חתימה על כרטיס תורם אדי, והגדלת הנגישות לחתימה. פעילות לצוותים הרפואיים ולמובילי דעה מהדתות השונות כולל הרצאות, סדנאות וקורסים אקדמיים. כמו כן מפתח המערך תוכניות לעידוד החתימות על כרטיס אדי.